STJÓRNVÖLD
Samskipti við stjórnvöld eru af margvíslegum toga. Ríkið er eigandi félagsins og fylgir það almennri eigandastefnu ríkisins í rekstrinum. Fjármála- og efnahagsráðuneytið fer með hlutabréfið og fara formleg samskipti fram á hluthafafundum og árlegum aðalfundi. Önnur samskipti við eigandann fara fram á fundum sem boðað er til eftir atvikum.
Samgöngu- og sveitastjórnarráðuneytið gegnir tvíþættu hlutverki í tengslum við starfsemi Isavia. Annars vegar sem fagráðuneyti flugmála og hins vegar sem viðskiptaaðili félagsins vegna reksturs innanlandsflugvallakerfisins. Félagið á sæti í þremur nefndum og ráðum á vegum ráðuneytisins; fagráði um flugmál, flugvirktarráði og hefur fastafulltrúa í samgönguráði. Fyrirtækið á í reglulegum faglegum samskiptum við ráðuneytið um flugmál auk náins samráðs um framkvæmd þjónustusamningsins. Félagið hefur fulltrúa í ýmsum nefndum á vegum ráðuneytisins sem snúa að flugmálum og á meðal annars sæti í nefnd sem vinnur að mótun flugstefnu fyrir Ísland
Isavia annast líka framkvæmd tveggja alþjóðasamninga um flugleiðsöguþjónustu. Svonefndur „Joint Finance“-samningur fjallar um flugleiðsöguþjónustu innan íslenska flugupplýsingasvæðisins (Reykjavik FIR) við 24 önnur ríki og er Alþjóðaflugmálastofnunin (ICAO) umsjónaraðili með samningnum. Hinn samningurinn er við dönsk stjórnvöld vegna flugleiðsöguþjónustu á hluta flugupplýsingasvæðis Grænlands.
Einnig er fundað nokkrum sinnum á ári með atvinnuvega- og nýsköpunarráðuneytinu í tengslum við ferðaþjónustumálefni. Ráðuneytið hefur komið á fót Flugþróunarsjóði sem hefur það verkefni að styrkja millilandaflug til Akureyrar og Egilsstaða og á Isavia fulltrúa í stjórn sjóðsins. Félagið á einnig fulltrúa í stjórn markaðsverkefna Íslandsstofu, „Ísland allt árið“ og „Iceland Naturally“, sem er ætlað að kynna Ísland sem áfangastað. Auk þess eru haldnir fundir með utanríkisráðuneytinu og Landhelgisgæslunni í tengslum við varnartengda starfsemi á Keflavíkurflugvelli og skipulagsmál flugvallarins.
Isavia hefur mikil samskipti við ríkisstofnanir vegna hinna margþættu verkefna félagsins. Mest er sambandið við Samgöngustofu sem gefur út starfsleyfi flugvalla og flugleiðsögu og annast viðeigandi eftirlit með framkvæmd og rekstri. Aðrar eftirlitsstofnanir sem má nefna eru Hollustuvernd ríkisins, Mannvirkjastofnun, Vinnueftirlitið, Heilbrigðiseftirlitið, Skipulagsstofnun og Umhverfisstofnun. Margar ríkisstofnanir eru með starfsstöðvar hjá eða í nánu samstarfi við félagið og má þar telja lögregluembætti, Tollstjóra, Almannavarnir ríkisins og Landhelgisgæsluna. Stofnanir sveitarfélaga sem tengjast rekstri Isavia eru aðallega heilbrigðiseftirlit, brunavarnir og slökkvilið.
Isavia er einnig undir eftirliti og í samstarfi við erlenda aðila. Af þeim má helst telja Alþjóðaflugmálastofnunina (ICAO) sem er undirstofnun Sameinuðu þjóðanna sem setur alþjóðlega staðla fyrir alla helstu þætti almenningsflugs og fylgist með frammistöðu ríkja og þjónustuveitenda. Stofnunin hefur einnig eftirlit með framkvæmd fyrrnefnds „Joint Finance“- samnings. Vegna starfsemi félagsins á Grænlandi og í Færeyjum sætir Isavia eftirliti Trafik- og byggestyrelsen í Danmörku og vegna samstarfs um flugfjarskiptaþjónustu á Norður-Atlantshafi eru náin samskipti við írsku flugmálastjórnina. Á vettvangi Borealis-samstarfsins á félagið í samstarfi við European Aviation Safety Agency (EASA).